La CDIP instaure des conférences spécialisées, des commissions et des groupes de travail.
Les groupes de travail, commissions et conférences spécialisées de la CDIP contribuent de manière significative à la mise en œuvre du programme de la CDIP. Par le biais de ces organes spécialisés, la CDIP fait appel au savoir-faire des administrations cantonales, des milieux de la recherche en éducation et du monde de la pratique.
Des commissions formées de membres des gouvernements cantonaux (Commission AIU / Commission AHES) pilotent l’application des accords de financement et de libre circulation.
Sur la base de l’accord intercantonal sur la reconnaissance des diplômes, plusieurs commissions s’occupent des procédures de reconnaissance. Elles soumettent leurs propositions au comité de la CDIP qui décide de la reconnaissance.
Les conférences spécialisées de la CDIP sont chargées de la coordination en matière d’application et des échanges d’informations. Elles se composent des chefs d’offices cantonaux (formation professionnelle, enseignement secondaire II formation générale) ou de services cantonaux (orientation professionnelle, universitaire et de carrière), ou réunissent les personnes responsables pour leur canton d’un dossier particulier (formation continue, bourses, aide à la culture, sport).
Les commissions permanentes remplissent une fonction de conseil auprès des organes politiques de la CDIP.
Pour traiter les projets de la CDIP, le Secrétariat général de la CDIP fait appel à des groupes de travail pour la durée du projet.
La CDIP et la Confédération organisent leur coopération dans le cadre de la COF.